из определения понятия служебной командировки (часть 1 ст. 166 ТК РФ) следует, что, находясь в командировке, работник придерживается установленного ему режима рабочего времени (продолжительность рабочего времени и времени отдыха). Т.е. формально оплата труда командировочному должна производится в размере его среднего заработка (ст. 167).
Если же по производственной необходимости командировочному необходимо работать в выходной или за пределами установленной ему продолжительности рабочего времени, то рекомендую компенсировать эту его переработку неофициально, не осложняя документооборот.