Лучше утвердить приказом-распоряжением, Вам (если нет ЛНА по делопроизводству) же будет легче работать и не запутаетесь. Ну про литеры думаю Вам объяснять не нужно. Немного объясню, например приказы-распоряжения по основной деятельности к номерам литеры не ставит, по личному составу, например: лс, к, ком., отп. (но думаю, что у Вас не так много приказов например ком. - командировка, отп - отпуск, их можно отнести к ЛС), ЛС - личный состав, можно использовать в обобщённом, например касающиеся работников, ну а К - кадровые, отнести к отдельному работнику, например при приёме, переводе, увольнении. По поводу договоров, кто-то просто номер ставит, кто-то номер-дата (последние цифры года), как вам удобнее, инструкции, а зачем? Ну в принципе тоже можно, если кончено их у вас море, например: №-год (последние две цифры года). И что Вы имеете под "прочее"? Как-то так.