В табеле так или иначе должно отражаться, что она работает на неполном рабочем дне, хотя и находится в отпуске. Иначе нет оснований начислять ей зп. Напомню, что при трудовых отношениях основанием для начисления зп является именно табель учета рабочего времени. Либо ставьте в ручную ОЖ/Я, либо сделайте так, чтобы она отражалась двумя строками.
Проверьте проведена ли она в 1С как работающая по определенному графику. Если есть проблемы, обратитесь к программисту, обслуживающему Вашу программу. Пусть обеспечит.
-------------------------------------------------------
Безнаказанность рождает вседозволенность 
