Необходимо было оформить работнику отпуск без сохранения заработной платы и объяснить ему, что гарантии и компенсации работнику могут быть предоставлены только при наличии справки-вызова (ст. 177 ТК РФ).
До представления справки-вызова у работодателя не возникает обязанности по предоставлению учебного отпуска, и его оплате.
Больничный, открытый в период учебного отпуска, оплате не подлежит.
В вашей ситуации, предлагаю:
1.платить больничный работнику. А три дня до больничного оформить отпуском без сохранения заработной платы.
2. связаться с работником и запросить справку-вызов и все-таки оформить ему учебный отпуск.
Компенсация за задержку выплаты отпускных в установленный срок не выплачивается. Так как срок оплаты определяется датой получения справки-вызова. Конкретные сроки предоставления справки-вызова законом не установлены. Ведь без нее вы не вправе не только оплачивать учебный отпуск, но и оформлять приказ о его предоставлении.